Introducción: Los estudios de caracterización molecular en Cuba han mostrado una diversidad genética muy elevada, con un predominio del subtipo B (con un alto grado de conservación), y  la aparición progresiva de subtipos No B y formas recombinantes. Ha sido interés contar con la tecnología de secuenciación del genoma completo como herramienta para el estudio de muestras con patrones de interés epidemiológico.

Objetivo: Estudiar el genoma completo del subtipo B en pacientes seropositivos al VIH-1.

Materiales y Métodos: Se aisló el ADN proviral de VIH-1 a cinco seropositivos procedentes de La Habana, sin relación epidemiológica documentada y con virus subtipo B según análisis del gen pol. Se realizó la secuenciación del genoma completo con modificaciones  al protocolo descrito por Nadai y cols en el 2008. Se amplificaron y secuenciaron tres regiones solapadas que cubren el genoma completo del VIH-1. Se determinó el subtipo y el patrón de recombinación mediante el empleo  de diversas herramientas bioinformáticas y confirmación por análisis filogenético.

Resultados: Se logró secuenciar y ensamblar un fragmento mayor de 8000 pb,  exceptuando los genes LTR. El análisis de las secuencias demostró la alta conservación del subtipo B para cada uno de los genes del VIH-1 aislado en cinco pacientes cubanos, similar a lo observado al estudiar los genes estructurales.

Conclusiones: Se demostró el patrón conservado del Subtipo B del VIH-1 para cada uno de sus genes.